داستان قسمت دوم فیلم روز استقلال ، ۲۰ سال پس از وقایع قسمت اول اتفاق میافتد. انسانها پس از شکست دادن بیگانگان در قسمت اول ، از تکنولوژیهای آنها استفاده کردند تا به پیشرفتهای تکنولوژیکِ چشمگیری دست پیدا کنند و این مساله باعث خشم بیگانگان شده است و آنها برای باز پس گرفتن تکنولوژیهای خود دوباره به زمین حمله میکنند و…